Το Ε.Ε.Ε.ΕΚ Κιλκίς πρωτοπόρο, άρχισε να λειτουργεί τον Οκτώβριο του 2001. Όπως όλα τα Ε.Ε.Ε.ΕΚ  που ιδρύθηκαν στη χώρα, διέπεται και αυτό από τις διατάξεις του Νόμου 2817/2000 περί «Εκπαίδευσης των Ατόμων με Ειδικές Εκπαιδευτικές Ανάγκες» και ανήκει στη Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση.

Οι μαθητές που φοιτούν είναι απόφοιτοι Δημοτικού, ηλικίας 14 έως 22 ετών. Η διάρκεια φοίτησης είναι 5 έως 8 χρόνια, ανάλογα με τις ανάγκες του κάθε μαθητή.

Στο Ε.Ε.Ε.ΕΚ εφαρμόζονται προγράμματα προσαρμοσμένα στις ανάγκες των μαθητών, αξιοποιώντας  τις ικανότητες τους, ώστε να επιτευχθεί η κοινωνική τους ένταξη και η επαγγελματική τους κατάρτιση. Επιδιώκεται η αυτόνομη διαβίωση μέσω ειδικών προγραμμάτων υγιεινής, καθαριότητας, μαγειρικής,υφαντικής,πλεκτικής και  ραπτικής.

Από το Ε.Ε.Ε.ΕΚ παρέχεται απολυτήριος τίτλος ο οποίος επέχει θέση πιστοποιητικού 1 του άρθρου 6 του Νόμου 2009/1992 με αντίστοιχα επαγγελματικά δικαιώματα.